Størrelsen på bestandene reguleres hovedsakelig gjennom villreinjakt, som har lange tradisjoner i Norge. Et formål med jakt er å opprettholde god balanse mellom antall dyr og beitetilgang, og unngå overbeiting. Fordi villreinen lever i flokk er jaktforvaltningen litt annerledes organisert enn for de tre andre hjorteviltartene elg, hjort og rådyr. Jaktuttaket kan også påvirke kjønnsbalanse, aldersbalanse, produktivitet og genetikk.
Myndigheter
Flere myndigheter har et ansvar for å ta vare på villrein. Utbygging og menneskelig aktivitet har ført til en oppsplitting av arealene villreinene kan bruke. Kommune, fylkeskommune, Statsforvalter og Miljødirektoratet har viktige roller for å ta vare på leveområdene til villreinen gjennom arealforvaltning.
Forvaltning av bestandene av villrein ivaretas i stor grad regionalt og lokalt. Under følger de myndighetene som har oppgaver knyttet til bestandsforvaltningen av villrein.
Overvåkning
Kunnskap om hvordan tilstanden til våre villreinområder utvikler seg er en forutsetning for å vite om villreinen forvaltes på en god måte. Villrein er en del av overvåkningsprogrammet for hjortevilt og helseovervåkningsprogrammet for vilt. Klima- og miljødepartementet har ansvaret for kvalitetsnorm for villrein som kom i 2020. Kvalitetsnormen vurderer tilstanden til villreinen i hvert av våre 24 villreinområder. Klassifiseringen av de ulike villreinområdene ble gjennomført i 2022 og 2023. Kvalitetsnormen klassifiserer etter ulike parameter knyttet til bestandsforhold, beite og menneskelig påvirkning. Dette gir et tydelig bilde på hvilke utfordringer de ulike villreinområdene har.